Bei den meisten, in Pflanzen vorkommenden, Alkaloiden handelt es sich um modifizierte (von der Grundstruktur abweichende) Aminosäuren. Aufgrund ihres bitteren Geschmacks dienen diese oft als Fraßschutz (z.B. fungiert das Alkaloid Nicotin als optimales Insektizid). Andere Alkaloide wirken antimikrobiell oder sind schlichtweg Farbstoffe.